Les comités de travail du Conseil sont formés de représentants des deux parties qui composent l'organisme. Les représentants de la partie syndicale sont soit des membres à plein temps du personnel des syndicats, soit des fonctionnaires. Les représentants de la partie patronale sont soit des agents du Secrétariat du Conseil du Trésor, soit des cadres des ministères et des organismes. Le règlement du CNM stipule que chaque membre d'un comité doit participer activement aux travaux de ce comité et que les activités exercées dans ce cadre, y compris celles de recherche et de développement, devraient être reconnues comme partie intégrante de ses fonctions courantes.

Le poste de président de comité est doté par le comité exécutif. La personne nommée peut provenir de l'une ou l'autre des parties, mais selon la pratique courrante, la majorité des présidents sont des cadres supérieurs de ministères ou d'organismes.

Les membres du personnel du bureau du Secrétaire général dotent le poste du Secrétaire du Comité.

Tous les comités de travail du Conseil sont tenus de fournir sur demande une interprétation de l'esprit des directives.

Réunions du Conseil national mixte pour l'année 2017 : 1 mars, 1 juin, 20 septembre et 6 décembre